Les dépenses éligibles incluent : salaires des chercheurs et techniciens de R&D (avec doublement pour les jeunes docteurs durant 24 mois), frais de fonctionnement (forfaitisés à 43 % des salaires + 75 % des amortissements), sous-traitance à des organismes agréés.
Le crédit s'impute sur l'IS dû ; en cas d'excédent, il est reportable 3 ans, puis remboursable. Les JEI, PME communautaires et entreprises nouvelles bénéficient du remboursement immédiat.
La déclaration 2069-A-SD doit être déposée avec la liasse fiscale. Un agrément CII (crédit d'impôt innovation, 20 % sur dépenses jusqu'à 400 k€) existe pour les PME.