Le taux du CIR
Le crédit d'impôt recherche (art. 244 quater B du CGI) est égal à 30 % des dépenses de recherche et développement éligibles, dans la limite de 100 millions d'euros de dépenses, puis 5 % pour la fraction qui excède ce montant.
Le CIR s'impute sur l'impôt sur les sociétés (ou l'impôt sur le revenu) ; l'excédent non imputé est restituable au bout de trois ans, ou immédiatement pour les PME au sens européen.
Les dépenses éligibles
Sont retenues notamment les dépenses de personnel affecté à la recherche (chercheurs et techniciens), les dotations aux amortissements des biens affectés à la R&D, les dépenses de recherche sous-traitée à des organismes agréés (dans certaines limites), et un forfait pour frais de fonctionnement.
La loi de finances 2025 a abaissé ce forfait de frais de fonctionnement de 43 % à 40 % des dépenses de personnel.
La réforme de la loi de finances 2025
La loi n° 2025-127 du 14 février 2025 a resserré l'assiette du CIR. Ne sont plus éligibles, à compter de son entrée en vigueur :
- les frais de prise et de maintenance des brevets, - les dépenses de veille technologique, - le régime de faveur dit « jeune docteur » (qui doublait certaines dépenses de personnel des jeunes docteurs).
Ces restrictions réduisent mécaniquement l'assiette du crédit pour de nombreuses entreprises ; il est prudent de recalculer son CIR sur la base des règles à jour.
Le crédit d'impôt innovation (CII)
Le crédit d'impôt innovation est une extension du CIR réservée aux PME, pour les dépenses de conception de prototypes ou d'installations pilotes de produits nouveaux.
La loi de finances 2025 a prolongé le CII jusqu'au 31 décembre 2027, mais a abaissé son taux de 30 % à 20 % pour les dépenses engagées à compter du 1er janvier 2025. Le plafond de dépenses du CII reste de 400 000 € par an.
Ce qui est éligible : la frontière recherche / développement courant
La difficulté du CIR n'est pas le calcul mais la qualification : une dépense n'est éligible que si elle se rattache à une opération de recherche au sens fiscal.
Sont visées la recherche fondamentale, la recherche appliquée et le développement expérimental. Le critère commun est la levée d'une incertitude scientifique ou technique que l'état de l'art ne permettait pas de résoudre.
Ne sont pas éligibles l'adaptation d'une solution existante, l'intégration de technologies disponibles, le développement fonctionnel d'un logiciel, la personnalisation client, ni la correction d'anomalies. Un projet informatique ambitieux n'est pas nécessairement de la recherche.
Le rescrit CIR permet de faire valider l'éligibilité d'un projet avant d'engager les dépenses. Sur un premier dossier, c'est la démarche la plus sûre : elle transforme un risque de remise en cause en position opposable.
Constituer le dossier justificatif dès le départ
Le CIR est un crédit d'impôt fréquemment contrôlé, et le contrôle porte d'abord sur la matérialité des travaux, pas sur l'arithmétique.
Le dossier doit décrire, pour chaque projet, l'état de l'art initial, les verrous scientifiques ou techniques identifiés, la démarche expérimentale suivie, les résultats obtenus y compris négatifs, et les personnels impliqués avec leur temps passé.
Les feuilles de temps sont l'élément le plus souvent manquant. Reconstituées après coup, elles perdent toute valeur probante.
Les qualifications des personnels doivent correspondre aux fonctions de recherche revendiquées : un dossier attribuant du temps de recherche à des profils commerciaux ou support est immédiatement fragilisé.
Un dossier tenu au fil de l'eau, projet par projet, coûte quelques heures par trimestre et sécurise un avantage souvent considérable.
Restitution, préfinancement et articulation avec les aides
Le CIR s'impute sur l'impôt sur les sociétés de l'exercice. L'excédent est reportable sur les trois exercices suivants, et la fraction non imputée à l'issue de ce délai est restituée.
Certaines entreprises bénéficient d'une restitution immédiate, sans attendre trois ans : jeunes entreprises innovantes, entreprises nouvelles, PME au sens communautaire, et entreprises en difficulté. Pour une PME, le CIR est donc une véritable ressource de trésorerie et non un simple allègement d'impôt.
Les subventions publiques reçues pour les mêmes projets doivent être déduites de la base de calcul, sous peine de double financement — c'est un point systématiquement vérifié.
Le crédit d'impôt innovation, réservé aux PME et portant sur la conception de prototypes de produits nouveaux, obéit à ses propres règles et se cumule avec le CIR sur des dépenses distinctes.
Sous-traitance et personnels : les points sensibles
Deux postes concentrent l'essentiel des rectifications, et tous deux se sécurisent en amont.
La sous-traitance n'est éligible que si elle est confiée à un organisme agréé au titre du CIR, ce qui suppose de vérifier l'agrément avant de contracter — et non au moment de déclarer. Les dépenses confiées à un prestataire non agréé sont écartées, même si les travaux relèvent incontestablement de la recherche. La liste des organismes agréés est publique.
Les dépenses sous-traitées font en outre l'objet de plafonnements et, lorsque le prestataire est lié à l'entreprise, de règles particulières destinées à éviter la démultiplication d'un même crédit au sein d'un groupe.
Côté personnels, seuls les chercheurs et techniciens de recherche sont retenus, au prorata du temps réellement consacré aux opérations éligibles. Les fonctions support — administration, commercial, direction générale — ne le sont pas, même lorsqu'elles concourent au projet.
Le cas des jeunes docteurs mérite d'être connu : leur première embauche ouvre droit à une prise en compte majorée des dépenses correspondantes pendant une période déterminée, un avantage significatif et pourtant peu mobilisé.
Là encore, les feuilles de temps nominatives sont la pièce maîtresse du dossier.